Foto z inscenace Theseus mořeplavec,r. J. Frejka, 1946
První etapa poválečné historie Městského divadla na Královských Vinohradech je spjata s významnou osobností režiséra Jiřího Frejky. Zkušený divadelník usiloval o umělecké povznesení vinohradské scény, ale své tvůrčí záměry mohl během krátké doby svého působení a za složité společensko-politické situace realizovat jen zčásti. Paradoxně působí fakt, že Frejka, posléze uštvaný tlakem komunistické moci, stál u začátku změn, v jejichž důsledku se Městské divadlo na Královských Vinohradech změnilo na armádní divadlo.
V červnu 1945 odešel Frejka z Národního divadla a díky stykům s představiteli odboje a armády už v srpnu 1945 získal oprávnění umožňující založit a provozovat armádní divadlo. Krátce nato byl však jmenován uměleckým šéfem Městského divadla na Královských Vinohradech. A právě v té době se začalo hovořit o spolupráci vinohradské scény s československou armádou.
Na Vinohrady nastoupil Jiří Frejka s několika spolupracovníky (scénograf František Tröster, překladatel Karel Kraus, režisér Jaromír Pleskot a další) na začátku sezony 1945/46. Přihlásil se k expresionistickému období tvorby K. H. Hilara, chtěl se orientovat na diváka z řad městského pracujícího lidu, zároveň ale respektoval masarykovské ideje.
Brzy se mu podařilo získat zpátky Komorní divadlo, odloučené v létě 1945 (v srpnu 1946 bylo opět připojeno k vinohradské scéně), čímž vznikl komplex tří takřka samostatných scén, tvořený Městským divadlem na Královských Vinohradech, Městským komorním divadlem a Pražským divadlem pro mládež (uměleckým šéfem zde byl herec František Kovářík). Frejkův vliv působil jako sjednocující a koncepční prvek při výběru repertoáru a při budování hereckého souboru. Ve stávajícím souboru byli herci několika generací a různých hereckých stylů, filmové hvězdy (Jiřina Štěpničková, Jaroslav Marvan) a několik mladých herců (např. Rudolf Hrušínský).
Jiří Frejka přivedl do Městských divadel další mladé herce (jako pedagog na konzervatoři měl k mladé generaci blízko), např. J. Adamovou, V. Brodského, A. Hegerlíkovou, O. Krejču, D. Medřickou, R. Lukavského nebo V. Šmerala.
První tři roky Frejkova působení znamenaly pro vinohradskou scénu umělecký a společenský vzmach. Nový ředitel se snažil z divadla vytvořit kulturní centrum, probíhaly zde besedy, přednášky, výstavy či vzpomínková setkání (např. na památku TGM). V Kruhu přátel Městského divadla na Vinohradech se sdružovala skupina vlivných příznivců, k nejvýznamnějším hostům patřil prezident Edvard Beneš. Divadla se v tomto období potýkala s návštěvnickou krizí, lidé řešili spíše praktické životní problémy a aktuální dění je zaměstnávalo víc než umění. Frejka však o diváky bojoval a poválečná návštěvnická krize se Vinohrad dotkla jen okrajově, pomohly ji překlenout dobře vybrané a inscenované klasické komedie, s nimiž soubor zajížděl za venkovským a dělnickým publikem i mimo Prahu. Frejkova představa divadla se však dostávala do sporu s estetickými názory, jak je propagovali soudobí ideologové. Jeho smysl pro básnické ztvárnění textu, který znovu dokázal např. v inscenaci hry G. Neveuxe Theseus mořeplavec, se s konceptem estetiky socialistického realismu zásadně míjel.
V dubnu 1948 sice Jiří Frejka zažil satisfakci – získal významné ocenění za režii hry Hoře z rozumu a zanedlouho byl jmenován rektorem AMU, tlak ve sféře kultury však sílil a sovětské kulturní směrnice se měnily v závazný způsob tvůrčí práce. Podle nového divadelního zákona navíc převzaly výkonnou moc instituce typu Revoluční divadelní rady. Frejkova pozice se zhoršila, odpůrci mu vyčítali, že nerespektuje stranická nařízení týkající se umělecké tvorby a že neuvádí české a sovětské novinky. Na konferenci čs. divadelníků v říjnu 1948 byl jeho koncept básnického divadla označen jako nebezpečný formalismus. Proti Frejkovi se postavily i stranické a odborové organizace Městských divadel, jejichž členové mu nemohli odpustit, že vůči nim stále uplatňoval pravomoci vedoucího. Počátkem roku 1949 proto neprošel stranickými prověrkami. Unavený a nemocný začal znovu usilovat o převedení vinohradské scény do sféry vlivu armády a doufal, že by tak mohl on sám i část jeho souboru uniknout pronásledování. Na Vinohrady však nastoupil specialista na kádrovou práci a většina zmanipulovaného souboru se proti svému řediteli postavila. Byl obviněn z ideologických prohřešků a ze špatného hospodaření s finančními zdroji divadla. Pokusil se vrátit do Národního divadla, ale jeho bývalí herci – straníci ho nepodpořili. Po velkém boji byl nakonec Ministerstvem školství a osvěty potvrzen jako ředitel budoucího armádního divadla, ve které se měla Městská divadla pražská brzy proměnit. Vinohradský kádrovák a vedoucí stranické organizace si však protiprávně vynutili jeho odchod z divadla. Po různých peripetiích přešel Jiří Frejka do Divadla čs. státního filmu v budově bývalé karlínské operety a působil tam ve složitých podmínkách až do své dobrovolné smrti v říjnu 1952. Proces přeměny vinohradské scény pak pokračoval dál i bez Frejky a v roce 1950 se stala Divadlem československé armády.