Otomar Korbelář (Antonín Havel) a Jarmila Švabíková (Madlena Vojnarová), A. Jirásek: Vojnarka, r. Gabriel Hart, 1943
V roce 1937 oslavilo Městské divadlo na Královských Vinohradech důstojně čtvrtstoletí své existence a do sezony 1938/39 vstupovala vinohradská scéna i Komorní divadlo s pečlivě připraveným repertoárem. Nadějné vyhlídky však zmařila zostřující se politická situace, lidé měli najednou jiné starosti a často se hrálo před téměř prázdným hledištěm. Zachování provozu umožnilo jen nadstandardní nasazení uměleckého souboru i ostatních zaměstnanců divadla. Vedení divadla se také snažilo organizovat různé propagační akce, spolupracovat s rozhlasem atd.
Přímý vliv Protektorátu Čechy a Morava se projevil velmi brzy. Dosavadní ředitel MDKV dr. Bedřich Jahn byl po sérii nechutných útoků donucen k rezignaci, na jeho místo byl jmenován zplnomocněnec Spojeného Družstva, hospodářský referent pražské obce dr. Vladimír Říha. Ve výboru Družstva nastaly změny podle přání pražské radnice, jejíž původní zastupitelstvo bylo rozpuštěno.
Divadlům nastaly i ekonomické starosti – třetina obvyklé finanční dotace (o kterou divadlo opakovaně žádalo) byla převedena na německé kulturní účely, ačkoli MDKV mělo řadu mimořádných výdajů, např. za plynové masky, zatemňovací tkaniny, lékárny atd.
Politická situace výrazně ovlivnila i podobu repertoáru obou scén, mnozí autoři nemohli být vůbec uváděni a hry schválené k provozování německá cenzura často různě upravovala. Obě divadla však navzdory tomu hrála a inscenace jako Strakonický dudák, Gogolův Revizor, Shakespearova komedie Jak se vám líbí i tragédie Hamlet či Ostrovského Bouře se těšily velkému zájmu publika.
Vyhlášení prvního stanného práva na podzim roku 1941 znamenalo uzavření všech divadel v protektorátu od 30. září do 3. listopadu (uzavření MDKV trvalo až do 31. ledna 1943).
Důvodem tohoto zákazu byl fakt, že Družstvo převzalo v květnu roku 1941 do své správy Divadlo D 41, které bylo úředně uzavřeno a jeho ředitel E. F. Burian vězněn až do konce války.
Uzavření Městského divadla na Královských Vinohradech vyvolalo řetěz dalších událostí – pečlivě udržovanou vinohradskou budovu obsadili němečtí filmaři a poškodili hlediště, jeviště i další prostory. Německé úřady také propůjčovaly divadlo Moderní operetě a jiným podnikatelům, uvažovalo se dokonce o tom, že v budově bude zřízeno německé varieté.
Po atentátu na Heydricha v květnu 1942 bylo znovu vyhlášeno stanné právo a hrát přestaly i obě pobočné scény – Komorní divadlo a Městské divadlo na Poříčí, vzniklé z převzatého divadla D 41.
Němci čekali na záminku, aby mohli pobočné městské scény zavřít natrvalo. Vzhledem k tomu byla velmi riskantní akce dvou zaměstnanců MDKV, kteří pod vinohradským jevištěm zazdili zbraně, dosud ukryté mezi divadelními rekvizitami.
Rok 1942 přinesl dvě tragédie: v červnu 1942 byla popravena uvaděčka Městského divadla na Královských Vinohradech Marie Spilková, v září 1942 zatklo gestapo kvůli údajné spoluúčasti při atentátu na Heydricha herečku Annu Letenskou, o dva měsíce později byla v Mauthausenu popravena.
Po znovuotevření vinohradské scény – v období od ledna do června 1943 – zde mohli diváci vidět čtyři nové inscenace, např. známou hru L. Pirandella Šest postav hledá autora nebo Jiráskovu Vojnarku. Na popud ministra Moravce se vinohradská činohra musela k 15. březnu 1944 přestěhovat do divadla Varieté v Karlíně, kde zahájila provoz pod nařízeným názvem Divadlo Josefa Kajetána Tyla. Uměleckým ředitelem se stal dramatik, kritik a dramaturg František Götz.
Pod jeho vedením se hlavní scéna dokázala přizpůsobit nevyhovujícímu prostředí a všechna tři divadla (Divadlo Josefa Kajetána Tyla, Komorní divadlo i Městské divadlo na Poříčí, vzniklé z převzatého Burianova divadla D 41) hrála při vyprodaných hledištích. To ovšem netrvalo dlouho, na konci srpna přišel definitivní zákaz činnosti pro všechna divadla.
14. února 1945 při velkém náletu na Prahu dopadly přímo na vinohradskou divadelní budovu dvě velké bomby, které naštěstí nevybuchly, ale poškodily zdi, stropy a částečně také strojní zařízení jeviště. Zaměstnanci divadla přes zákaz do budovy tajně vnikli a postupně škody odstranili. Díky tomu bylo možné zanedlouho po květnovém povstání zahájit provoz a Vinohradské divadlo patřilo mezi první divadla, která začala po válce hrát. V červnu byla uvedena Kornejčukova hra Zkáza eskadry a v červenci Čapkův Loupežník.
V sezoně 1945/46 se uměleckým šéfem MDKV stal Jiří Frejka. Postupně se mu podařilo získat do své pravomoci další dvě scény – Komorní divadlo, odloučené v rámci poválečných organizačních změn v létě 1945, bylo k vinohradské scéně opět připojeno od srpna 1946. Součástí vinohradského souboru se na čas stali i herci z Divadla pro mládež Míly Mellanové, zaniklého roku 1947, a z Větrníku. Vznikl tak komplex tří téměř samostatných těles, sjednocovaných Frejkovou koncepční dramaturgickou činností.
